Sprawy organizacyjne
Przedmiot jest zaliczany na podstawie wyników egzaminu (punktacja 0-50pkt.),
oraz wyników ćwiczeń/projektu realizowanych w czasie semestru ( punktacja 0--50 pkt.).
Ocena końcowa jest określana na podstawie łącznej liczby punktów zgodnie z poniższą tabelą.
| liczba punktów | ocena |
|---|
| 91 - 100 pkt | pięć |
| 81 - 90 pkt | cztery i pół |
| 71 - 80 pkt | cztery |
| 61 - 70 pkt | trzy i pół |
| 51 - 60 pkt | trzy |
| 0 - 20 pkt | dwa |
Wykład
Wykłady będą odbywały zdalnie przy użyciu narzędzia MS Teams na kanale ogólnym zespołu
we środy, w godzinach 10.30 - 12.00. Planujemy 10 spotkań po 2 godziny.
Do zespołu można dołączyć używając kodu
.
Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej.
Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.
- (8 X, R.Nowak) Wstęp, reprezentacja cyfrowa, programowanie dynamiczne, badanie podobieństw dwu sekwencji,
prezentacja (pdf).
- (15 X, R. Nowak) algorytm Needlemana-Wunscha, algorytm Smitha-Watermana, macierze substytucji, PAM, BLOSUM,
prezentacja (pdf).
- (22 X, R.Nowak) Bazy sekwencji, heurystyczne algorytmy badania podobieństw, BLAST, FASTA, podobieństwo wielu sekwencji,
prezentacja (pdf).
- (5 XI, R.Nowak) Istotność wyników badania podobieństw i wyszukiwania; sekwenatory;
prezentacja (pdf).
- (19 XI, R. Nowak) Sekwencjonowanie, asemblacja de-novo, graf pokrycia, graf de-Bruijna,
prezentacja (pdf).
- (26 XI, R. Nowak) Resekwencjonowanie, asemblacja hybrydowa, mapy restrykcyjne, mapy genetyczne, analiza haplotypów,
prezentacja2 (pdf).
- (3 XII, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa, problem dekodowania, algorytm Viterbiego,
prezentacja (pdf).
- (3 XII, R. Nowak) Analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, drzewa filogenetyczne,
- (10 XII, R. Nowak) Biologia syntetyczna, struktury drugorzędowe RNA, algorytm Nussinov, redukcja wymiarów, algorytm PCA
- (17 XII, R.Nowak) Powtórzenie,
Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami:
zestaw 1, rozwiązania,
zestaw 2, rozwiązania,
zestaw 3, rozwiązania,
zestaw 4.
Ćwiczenia
Ćwiczenia będą odbywały zdalnie przy użyciu narzędzia MS Teams,
we środy, w godzinach 8.00 - 10.30. Planujemy 15 spotkań po 3 godziny.
Tematy poszczególnych zajęć oraz materiały pomocnicze będą umieszczane na MS Teams.
Literatura
- J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, PWN, 2011
- P.Higgs, T.Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008
- V. Makinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu, Genome-Scale Algorithm design, Cambridge 2015
- Wing-Kin Sung, Algorithms for next-generation sequencing, CRC Press 2017
- A.Baxevanis, B.Ouellette, Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek. PWN, 2005
- J.Tiuryn, Wstęp do biologii obliczeniowej,
notatki do wykładu
- R.Durbin, S.Eddy, A.Krogh, G.Mithison, Biological sequence analysis. Cambridge 2007