Sprawy organizacyjne
Przedmiot jest zaliczany na podstawie wyników egzaminu (punktacja 0-50pkt.),
oraz wyników ćwiczeń/projektu realizowanych w czasie semestru ( punktacja 0--50 pkt.).
Ocena końcowa jest określana na podstawie łącznej liczby punktów zgodnie z poniższą tabelą.
| liczba punktów | ocena |
|---|
| 91 - 100 pkt | pięć |
| 81 - 90 pkt | cztery i pół |
| 71 - 80 pkt | cztery |
| 61 - 70 pkt | trzy i pół |
| 51 - 60 pkt | trzy |
| 0 - 20 pkt | dwa |
Wykład
Wykłady będą odbywały zdalnie przy użyciu narzędzia MS Teams na kanale ogólnym zespołu
we środy, w godzinach 10.30 - 12.00. Planujemy 10 spotkań po 2 godziny.
Do zespołu można dołączyć używając kodu
.
Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej.
Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.
- (7 X, R.Nowak) Wstęp, reprezentacja cyfrowa, programowanie dynamiczne, badanie podobieństw dwu sekwencji,
prezentacja (pdf).
- (14 X, R. Nowak) algorytm Needlemana-Wunscha, algorytm Smitha-Watermana, macierze substytucji, PAM, BLOSUM,
- (21 X, R.Nowak) Bazy sekwencji, heurystyczne algorytmy badania podobieństw, BLAST, FASTA, podobieństwo wielu sekwencji,
- (28 X, R.Nowak) Istotność wyników badania podobieństw i wyszukiwania; sekwenatory;
- (4 XI, R. Nowak) Sekwencjonowanie, asemblacja de-novo, graf pokrycia, graf de-Bruijna,
- (18 XI, R. Nowak) Resekwencjonowanie, asemblacja hybrydowa, mapy restrykcyjne, mapy genetyczne, analiza haplotypów,
- (25 XI, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa, problem dekodowania, algorytm Viterbiego,
- (2 XII, R. Nowak) Analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, drzewa filogenetyczne,
- (9 XII, R. Nowak) Biologia syntetyczna, struktury drugorzędowe RNA, algorytm Nussinov, redukcja wymiarów, algorytm PCA
- (16 XII 2026, R.Nowak) Powtórzenie,
prezentacja (pdf).
Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami:
zestaw 1, rozwiązania,
zestaw 2, rozwiązania,
zestaw 3, rozwiązania,
zestaw 4,
zestaw 5,
zestaw 6,
zestaw 7,
zestaw 8.
Ćwiczenia
Ćwiczenia będą odbywały zdalnie przy użyciu narzędzia MS Teams,
we środy, w godzinach 8.00 - 10.30. Planujemy 15 spotkań po 3 godziny.
Tematy poszczególnych zajęć oraz materiały pomocnicze będą umieszczane na MS Teams.
Literatura
- J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, PWN, 2011
- P.Higgs, T.Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008
- V. Makinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu, Genome-Scale Algorithm design, Cambridge 2015
- Wing-Kin Sung, Algorithms for next-generation sequencing, CRC Press 2017
- A.Baxevanis, B.Ouellette, Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek. PWN, 2005
- J.Tiuryn, Wstęp do biologii obliczeniowej,
notatki do wykładu
- R.Durbin, S.Eddy, A.Krogh, G.Mithison, Biological sequence analysis. Cambridge 2007