MBI - projekt

Należy wykonać cztery ćwiczenia praktyczne. Ćwiczenia te będą wykonywane w zespołach dwuosobowych. Dokumentację oddajemy tylko elektronicznie. Każde ćwiczenie jest oceniane w skali od 0-5 pkt.

Terminy

Terminy związane z projektem są następujące:

nazwa	data	forma
Tworzenie 2-osobowych zespołów	1-8.03.2024	Proszę zapisywać się za pomocą arkusza arkusza Excel na MS Teams.
Ćwiczenie 1, konsultacje	27.03.2024, 18-20, online, MS Teams	obecność nie jest obowiązkowa, w tym czasie prowadzący może pomóc w realizacji ćwiczenia.
Sprawozdanie z ćwiczenia 1	do 3.04.2024	zespół przesyła sprawozdanie do prowadzącego (mail), maksymalny rozmiar pliku 1MB.
Ćwiczenie 2, konsultacje	10.04.2024, 18-20, online, MS Teams	obecność nie jest obowiązkowa, w tym czasie prowadzący może pomóc w realizacji ćwiczenia.
Sprawozdanie z ćwiczenia 2	do 17.04.2024	zespół przesyła sprawozdanie do prowadzącego (mail), maksymalny rozmiar pliku 1MB.
Ćwiczenie 3, konsultacje	24.04.2024, 18-20, online, MS Teams	obecność nie jest obowiązkowa, w tym czasie prowadzący może pomóc w realizacji ćwiczenia.
Sprawozdanie z ćwiczenia 3	do 8.05.2024	zespół przesyła sprawozdanie do prowadzącego (mail), maksymalny rozmiar pliku 1MB.
Ćwiczenie 4, konsultacje	22.05.2024, 18-20, online, MS Teams	obecność nie jest obowiązkowa, w tym czasie prowadzący może pomóc w realizacji ćwiczenia.
Sprawozdanie z ćwiczenia 4	do 29.05.2024	zespół przesyła sprawozdanie do prowadzącego (mail), maksymalny rozmiar pliku 1MB.

przekroczenie terminów skutkuje zmniejszeniem maksymalnej puli punktów odpowiednio: 1) do 80% jeżeli opóźnienie wynosi od 1 dnia do 1 tygodnia, 2) do 50% przy opóźnieniu do 2 tygodni, 3) do 0% przy opóźnieniu większym niż 2 tygodnie.

Materiały do ćwiczeń

• Ćwiczenie 1. Asemblacja de-novo DNA. Instrukcja (pdf).
• Ćwiczenie 2. Adnotacja DNA. Instrukcja (pdf).
• Ćwiczenie 3. Resekwencjonowanie genomu człowieka. Instrukcja (pdf).
• Ćwiczenie 4. Analiza danych sekwencyjnych człowieka. Instrukcja (pdf).

• odnośniki (linki) do małych genomów referencyjnych
• identyfikatory sekwencji
• odnośnik (link) do wyników assemblingu tasiemca (hymenolepis diminuta)
• odnośnik (link) do sekwencji znanych białek dla tasiemca (hymenolepis diminuta)
• odnośnik (link) do sekwencji mRNA dla tasiemca (hymenolepis diminuta)

W tym semestrze ćwiczenia prowadzi:

	maksymalna liczba osób	e-mail	termin konsultacji
dr inż. Wiktor Kuśmirek,	50	wiktor.kusmirek(at)pw(dot)edu(dot)pl	online, po umówieniu się mailem

Zaliczenie projektu przez wykonanie aplikacji lub biblioteki

Istnieje także możliwość realizacji projektu, polegające na dostarczeniu oprogramowania. Sposób realizacji:

• zgłoszenie 2 osobowego zespołu e-mailem do 15.03.2024 robert(dot)nowak(at)pw(dot)edu(dot)pl
• uzyskania akcpetacji zawierającej propozycję projektu (algorytm), do 28.03.2024
• demonstracja działającego prototypu, do 3.05.2024
• wysłanie dokumentacji (zawierającej aspekty techniczne nie ujęte w kodach źródłowych, np uwagi dotyczące realizacji projektu), kodów źródłowych i wersji końcowej, do 3.06.2024.

Aplikacja demonstracyjna. Aplikacja taka pozwala zrozumieć działanie wskazanego algorytmu. Użytkownik może wprowadzić własne dane i śledzić (krok po kroku) sposób wykonywania obliczeń. Przykłady aplikacji są dostępne na stronie przedmiotu. Aplikacja powinna wykonywać się na przeglądarce www, będzie umieszczona na serwerze elektron (elka), nie używamy bazy danych, aplikacja jest zbiorem statycznych plików, które wykonują się po stronie klienta w przeglądarce www, sugerowane języki programowania to JavaScript + HTML5.

Proszę pamiętać o wersji statycznej aplikacji, aby taką wersję sprawdzić należy wpisać w konsoli polecenie google-chrome index.html (zakładając, że mamy przeglądarkę google-chrome).