Metody bioinformatyki (MBI2024L)

Sprawy organizacyjne

Przedmiot jest zaliczany na podstawie wyników egzaminu (punktacja 0-20pkt.), oraz wyników ćwiczeń/projektu realizowanych w czasie semestru ( punktacja 0--20 pkt.). Ocena końcowa jest określana na podstawie łącznej liczby punktów zgodnie z poniższą tabelą.

liczba punktów	ocena
37 - 40 pkt	pięć
33 - 36 pkt	cztery i pół
29 - 32 pkt	cztery
25 - 28 pkt	trzy i pół
21 - 24 pkt	trzy
0 - 20 pkt	dwa

Wykład

Wykłady będą odbywały się w sali 168 we środy, w godzinach 14.15 - 16.00. Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej. Slajdy z wykładów w semestrze 2023Z są dostępne tutaj (31MB) Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.

1. (21 II, R.Nowak) Bioinformatyka jako dziedzina informatyki. Programowanie dynamiczne, prezentacja (pdf).
2. (28 II, R. Nowak) Badanie podobieństw dwu sekwencji, macierze substytucji, bazy sekwencji, prezentacja (pdf).
3. (6 III, R.Nowak) Heurystyczne algorytmy badania podobieństw, podobieństwo wielu sekwencji, prezentacja (pdf).
4. (13 III, R.Nowak) Asemblacja cz1, sekwenatory, kontig sekwencyjny, kontig fizyczny, resekwencjonowanie, prezentacja (pdf).
5. (20 III, R.Nowak) Asemblacja cz2, prezentacja (pdf).
6. (27 III, J. Mulawka) Obliczenia mulekularne na DNA, prezentacja (pdf).
7. (3 IV, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa, prezentacja (pdf).
8. (10 IV, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej.
9. (17 IV, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej (2).
10. (24 IV, W. Kuśmirek) Sekwenatory 3 generacji, basecalling, kompresja
11. (8 V, R. Nowak) analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, algorytm PCA, drzewa filogenetyczne,
12. (22 V, J. Mulawka) Biokomputery - splatanie,
13. (29 V, R.Nowak) Struktury drugorzędowe, markery genetyczne, haplotypy.
14. (5 VI, R.Nowak) Badanie jakości wyników,
15. (12 VI, R.Nowak) Powtórzenie,

    Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami (część informatyczna): zestaw o, rozwiązania o, zestaw p, rozwiązania p, zestaw r, zestaw s, rozwiązania s, zestaw t, rozwiązania t, zestaw u, zestaw v, zestaw w, rozwiązania w, zestaw x, zestaw y, rozwiązania y, zestaw z, rozwiązania z, zestaw 17L, rozwiązania 17L, zestaw 17Z, rozwiązania 17Z, zestaw 18L, rozwiązania 18L, zestaw 18Z, rozwiązania 18Z, zestaw 19L, rozwiązania 19L, zestaw 19Z, rozwiązania 19Z, zestaw 20L, rozwiązania 20L, zestaw 20Z, rozwiązania 20Z, zestaw zadań 22La, zestaw 22Z, rozwiązania 22Z, zestaw zadań 23La, zestaw 23Z, rozwiązania 23Z.

    Przykładowe zadania egzaminacyjne (obliczenia molekularne): bramki , reguły , splatanie , xor, nor, not, wnioskowanie, rozwiązanie (wnioskowanie), wnioskowanie2.

16. (?) Egzamin termin 1,
17. (?) Egzamin termin 2

Projekt

• terminy, lista tematów i zasady oceniania

Literatura

do części biologicznej:

• P. Węgleński, Genetyka molekularna. PWN 2006i
• A.Jerzmanowski, Geny i ludzie. WSiP 1994
• A. Cichocki, R. Zdunek, A. Phan, S. Amari, Nonnegative Matrix and Tensor Factorizations, Wiley, 2009

do części informatycznej:

• J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, PWN, 2011
• P.Higgs, T.Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008
• V. Makinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu, Genome-Scale Algorithm design, Cambridge 2015
• Wing-Kin Sung, Algorithms for next-generation sequencing, CRC Press 2017
• A.Baxevanis, B.Ouellette, Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek. PWN, 2005
• J.Tiuryn, Wstęp do biologii obliczeniowej, notatki do wykładu
• R.Durbin, S.Eddy, A.Krogh, G.Mithison, Biological sequence analysis. Cambridge 2007