Sprawy organizacyjne
Zespół MBI24Z na MS Teams PW
Przedmiot jest zaliczany na podstawie wyników egzaminu (punktacja 0-20pkt.),
oraz wyników ćwiczeń/projektu realizowanych w czasie semestru ( punktacja 0--20 pkt.).
Ocena końcowa jest określana na podstawie łącznej liczby punktów zgodnie z poniższą tabelą.
| liczba punktów | ocena |
|---|
| 37 - 40 pkt | pięć |
| 33 - 36 pkt | cztery i pół |
| 29 - 32 pkt | cztery |
| 25 - 28 pkt | trzy i pół |
| 21 - 24 pkt | trzy |
| 0 - 20 pkt | dwa |
Wykład
Wykłady będą odbywały się w sali 017B
we środy, w godzinach 14.15 - 16.00.
Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej.
Slajdy z wykładów w semestrze 2024L są dostępne tutaj (30MB)
Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.
- (2 X, R.Nowak) Bioinformatyka jako dziedzina informatyki. Programowanie dynamiczne,
prezentacja (pdf).
- (9 X, R. Nowak) Badanie podobieństw dwu sekwencji, macierze substytucji, bazy sekwencji,
prezentacja (pdf).
- (16 X, R.Nowak) Heurystyczne algorytmy badania podobieństw, podobieństwo wielu sekwencji,
prezentacja (pdf).
- (23 X, R.Nowak) Asemblacja cz1, sekwenatory, kontig sekwencyjny, kontig fizyczny, resekwencjonowanie,
prezentacja (pdf).
- (30 X, R.Nowak) Asemblacja cz2,
prezentacja (pdf).
- (6 XI, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa,
prezentacja (pdf).
- (13 XI, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej.
prezentacja (pdf).
- (20 XI, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej (2).
prezentacja (pdf).
- (27 XI, W. Kuśmirek) Sekwenatory 3 generacji, basecalling, kompresja
- (4 XII, R. Nowak) analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, algorytm PCA, drzewa filogenetyczne,
- (11 XII, W. Kuśmirek) Obliczenia rozproszone w bioinformatyce
- (18 XII, R.Nowak) Struktury drugorzędowe, markery genetyczne, haplotypy.
- (15 I, R.Nowak) Badanie jakości wyników,
- (22 I, R.Nowak) Przegląd bieżących problemów badawczych: analiza sekwencji pojedynczych komórek, modelowanie
struktur białkowych, ontologie genowe, meta-genom, obliczenia wykorzystujące DNA (obliczenia molekularne).
- (29 I, R.Nowak) Powtórzenie,
Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami:
zestaw o, rozwiązania o,
zestaw p, rozwiązania p,
zestaw r,
zestaw s, rozwiązania s,
zestaw t, rozwiązania t,
zestaw u,
zestaw v,
zestaw w, rozwiązania w,
zestaw x,
zestaw y, rozwiązania y,
zestaw z, rozwiązania z,
zestaw 17L, rozwiązania 17L,
zestaw 17Z, rozwiązania 17Z,
zestaw 18L, rozwiązania 18L,
zestaw 18Z, rozwiązania 18Z,
zestaw 19L, rozwiązania 19L,
zestaw 19Z, rozwiązania 19Z,
zestaw 20L, rozwiązania 20L,
zestaw 20Z, rozwiązania 20Z,
zestaw 22L,
zestaw 22Z, rozwiązania 22Z,
zestaw 23L,
zestaw 23Z, rozwiązania 23Z,
zestaw 24L.
- () Egzamin termin 1,
- () Egzamin termin 2.
Projekt
Literatura
- J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, PWN, 2011
- P.Higgs, T.Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008
- V. Makinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu, Genome-Scale Algorithm design, Cambridge 2015
- Wing-Kin Sung, Algorithms for next-generation sequencing, CRC Press 2017
- A.Baxevanis, B.Ouellette, Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek. PWN, 2005
- J.Tiuryn, Wstęp do biologii obliczeniowej,
notatki do wykładu
- R.Durbin, S.Eddy, A.Krogh, G.Mithison, Biological sequence analysis. Cambridge 2007
- Jeremy Ramsden, Bioinformatics, an introduction. Springer 2023
Literatura uzupełniająca z genetyki i biologii molekularnej:
- P. Węgleński, Genetyka molekularna. PWN 2006i
- A.Jerzmanowski, Geny i ludzie. WSiP 1994
- A. Cichocki, R. Zdunek, A. Phan, S. Amari, Nonnegative Matrix and Tensor Factorizations, Wiley, 2009