Metody bioinformatyki (MBI2025Z)

Sprawy organizacyjne

Regulamin przedmiotu jest umieszczony w systemie USOS. Dokumenty na tej stronie mają charakter wyjaśniający, pomocniczy; w razie niespójności rozstrzyga regulamin przedmiotu.

Bieżące oceny cząstkowe są uzupełniane na serwerze USOS

Zespół MBI25Z na MS Teams PW

Wykład

Wykłady będą odbywały się w sali 017B we środy, w godzinach 14.15 - 16.00. Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej. Slajdy z wykładów w semestrze 2025L są dostępne tutaj (28MB) Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.

1. (8 X, R.Nowak) Bioinformatyka jako dziedzina informatyki. Programowanie dynamiczne, prezentacja (pdf).
2. (15 X, R. Nowak) Badanie podobieństw dwu sekwencji, macierze substytucji, bazy sekwencji, prezentacja (pdf).
3. (22 X, R.Nowak) Heurystyczne algorytmy badania podobieństw, podobieństwo wielu sekwencji,
4. (29 X, W. Kuśmirek) Sekwenatory 3 generacji, basecalling, kompresja
5. (5 XI, R.Nowak) Asemblacja cz1, sekwenatory, kontig sekwencyjny, kontig fizyczny, resekwencjonowanie,
6. (12 XI, R.Nowak) Asemblacja cz2,
7. (19 XI, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej.
8. (26 XI, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej (2).
9. (3 XII, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa,
10. (10 XII, R. Nowak) analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, algorytm PCA, drzewa filogenetyczne,
11. (17 XII, W. Kuśmirek) Obliczenia rozproszone w bioinformatyce
12. (7 I, R.Nowak) Struktury drugorzędowe, markery genetyczne, haplotypy,
13. (14 I, R.Nowak) Badanie jakości wyników,
14. (21 I, R.Nowak) Wyszukiwanie motywów, obliczenia wykorzystujące DNA (obliczenia molekularne), prezentacja (pdf).
15. (28 I, R.Nowak) Powtórzenie,

    Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami: zestaw 17L, rozwiązania 17L, zestaw 17Z, rozwiązania 17Z, zestaw 18L, rozwiązania 18L, zestaw 18Z, rozwiązania 18Z, zestaw 19L, rozwiązania 19L, zestaw 19Z, rozwiązania 19Z, zestaw 20L, rozwiązania 20L, zestaw 20Z, rozwiązania 20Z, zestaw 22L, zestaw 22Z, rozwiązania 22Z, zestaw 23L, zestaw 23Z, rozwiązania 23Z, zestaw 24L, zestaw 24Z. zestaw 25L, rozwiązania 25L.

Ćwiczenia/Projekt

• terminy, lista tematów i zasady oceniania

Literatura

• J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, PWN, 2011
• P.Higgs, T.Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008
• V. Makinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu, Genome-Scale Algorithm design, Cambridge 2015
• Wing-Kin Sung, Algorithms for next-generation sequencing, CRC Press 2017
• A.Baxevanis, B.Ouellette, Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek. PWN, 2005
• J.Tiuryn, Wstęp do biologii obliczeniowej, notatki do wykładu
• R.Durbin, S.Eddy, A.Krogh, G.Mithison, Biological sequence analysis. Cambridge 2007
• Jeremy Ramsden, Bioinformatics, an introduction. Springer 2023

Literatura uzupełniająca z genetyki i biologii molekularnej:

• P. Węgleński, Genetyka molekularna. PWN 2006i
• A.Jerzmanowski, Geny i ludzie. WSiP 1994
• A. Cichocki, R. Zdunek, A. Phan, S. Amari, Nonnegative Matrix and Tensor Factorizations, Wiley, 2009