Metody bioinformatyki (MBI2024L)

Sprawy organizacyjne

Przedmiot jest zaliczany na podstawie wyników egzaminu (punktacja 0-20pkt.), oraz wyników ćwiczeń/projektu realizowanych w czasie semestru ( punktacja 0--20 pkt.). Ocena końcowa jest określana na podstawie łącznej liczby punktów zgodnie z poniższą tabelą.
liczba punktówocena
37 - 40 pktpięć
33 - 36 pktcztery i pół
29 - 32 pktcztery
25 - 28 pkttrzy i pół
21 - 24 pkttrzy
0 - 20 pktdwa

Wykład

Wykłady będą odbywały się w sali 168 we środy, w godzinach 14.15 - 16.00. Tematy poszczególnych wykładów oraz materiały pomocnicze (slajdy i inne) będą umieszczane poniżej. Slajdy z wykładów w semestrze 2023Z są dostępne tutaj (31MB) Nie jest wymagana obecność na wykładzie i nie będzie ona sprawdzana.

  1. (21 II, R.Nowak) Bioinformatyka jako dziedzina informatyki. Programowanie dynamiczne, prezentacja (pdf).
  2. (28 II, R. Nowak) Badanie podobieństw dwu sekwencji, macierze substytucji, bazy sekwencji, prezentacja (pdf).
  3. (6 III, R.Nowak) Heurystyczne algorytmy badania podobieństw, podobieństwo wielu sekwencji, prezentacja (pdf).
  4. (13 III, R.Nowak) Asemblacja cz1, sekwenatory, kontig sekwencyjny, kontig fizyczny, resekwencjonowanie, prezentacja (pdf).
  5. (20 III, R.Nowak) Asemblacja cz2, prezentacja (pdf).
  6. (27 III, J. Mulawka) Obliczenia mulekularne na DNA, prezentacja (pdf).
  7. (3 IV, R. Nowak) Odnajdowanie sygnałów biologicznych, ukryte modele Markowa, prezentacja (pdf).
  8. (10 IV, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej. prezentacja (pdf).
  9. (17 IV, T. Gambin) Analiza genomu człowieka wykorzystując NGS w kontekście diagnostyki medycznej (2). prezentacja (pdf).
  10. (24 IV, W. Kuśmirek) Sekwenatory 3 generacji, basecalling, kompresja prezentacja (pdf).
  11. (8 V, R. Nowak) analiza danych wielowymiarowych, grupowanie, algorytm PCA, drzewa filogenetyczne, prezentacja (pdf).
  12. (22 V, J. Mulawka) Biokomputery - splatanie, prezentacja (pdf).
  13. (29 V, R.Nowak) Struktury drugorzędowe, markery genetyczne, haplotypy. prezentacja (pdf).
  14. (5 VI, R.Nowak) Badanie jakości wyników, prezentacja (pdf).
  15. (12 VI, R.Nowak) Powtórzenie, prezentacja (pdf).

    Przykładowe zadania egzaminacyjne wraz z rozwiązaniami (część informatyczna): zestaw o, rozwiązania o, zestaw p, rozwiązania p, zestaw r, zestaw s, rozwiązania s, zestaw t, rozwiązania t, zestaw u, zestaw v, zestaw w, rozwiązania w, zestaw x, zestaw y, rozwiązania y, zestaw z, rozwiązania z, zestaw 17L, rozwiązania 17L, zestaw 17Z, rozwiązania 17Z, zestaw 18L, rozwiązania 18L, zestaw 18Z, rozwiązania 18Z, zestaw 19L, rozwiązania 19L, zestaw 19Z, rozwiązania 19Z, zestaw 20L, rozwiązania 20L, zestaw 20Z, rozwiązania 20Z, zestaw zadań 22La, zestaw 22Z, rozwiązania 22Z, zestaw zadań 23La, zestaw 23Z, rozwiązania 23Z.

    Przykładowe zadania egzaminacyjne (obliczenia molekularne): bramki , reguły , splatanie , xor, nor, not, wnioskowanie, rozwiązanie (wnioskowanie), wnioskowanie2.

  16. (22 VI, sobota, 10:15 - 11:30, sala 133) Egzamin termin 1
  17. (27 VI, czwartek, 10:15 - 11:30, sala 118) Egzamin termin 2

Projekt

Literatura

do części biologicznej:

do części informatycznej:

Konsultacje i kontakt z prowadzącymi

Patrz Baza Wiedzy Politechniki Warszawskiej

Programy demonstarcyjne opracowane na potrzeby przedmiotu

Organizacje:

Czasopisma: